Върховен орган на сдружението е Общото събрание, а негов управителен орган — Управителният съвет (чл. 19 от Устава).
Общо събрание
Общото събрание се състои от всички членове на сдружението. То изменя и допълва Устава, приема устройствените документи, избира и освобождава членовете на Управителния съвет, приема бюджета и годишния отчет, приема основните насоки и програма за дейността и взема решения за преобразуване или прекратяване на сдружението (чл. 20–21).
Свиква се поне веднъж годишно от Управителния съвет; всеки член получава писмена покана с дневен ред най-малко един месец предварително. Заседанието е законно при кворум над половината членове; всеки член има право на един глас, а решенията се вземат с обикновено мнозинство (при изменение на Устава и прекратяване — с мнозинство 2/3) (чл. 22–31).
Управителен съвет
Управителният съвет се състои от седем лица — членове на сдружението, избрани за срок от две години с право на преизбиране за два поредни мандата. Той осигурява изпълнението на решенията на Общото събрание, разпорежда се с имуществото съгласно закона и Устава, подготвя бюджета и отчета за дейността, организира дейността на сдружението и го представя пред международната академична общност (чл. 33–35).
Председателят на Управителния съвет представлява сдружението, свиква и ръководи заседанията на съвета и председателства Общите събрания (чл. 42–44).
Настоящ Управителен съвет
- Проф. д-р Светослав Малинов · Председател — Софийски университет „Св. Климент Охридски“
- Доц. д-р Евелина Стайкова-Милева — Нов български университет – София
- Доц. д.н. Стойчо Стойчев — Софийски университет „Св. Климент Охридски“
- Доц. д-р Илдико Отова — Нов български университет – София
- Доц. д-р Албена Танева — Софийски университет „Св. Климент Охридски“
- Доц. д-р Елена Симеонова — Университет за национално и световно стопанство – София
- Доц. д-р Даниела Пастармаджиева — Югозападен университет „Неофит Рилски“ – Благоевград
Снимките на членовете на Управителния съвет ще бъдат добавени допълнително.
Пълният текст на разпоредбите за органите на управление е достъпен в Устава на БАПН.